Los primeros años de la Universidad cumplieron una vocación técnica determinada por la necesidad en el territorio de formar especialistas que luego dedicarían sus esfuerzos al desarrollo del urgente proceso industrial, que se verificaría en la recién creada provincia de Cienfuegos. Surge entonces el Instituto Superior Técnico de Cienfuegos (ISTC).
Durante la décda de los 90 el antiguo ISTC fue sometido a un proceso que fue denominado como “integración”, caracterizado por la incorporación de las facultades de Cultura Física y la Filial Pedagógica; que en lo adelante se subdividiría a su vez en dos facultades más, la de Educación Primaria y la de Educación.
En 1991, por acuerdo del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros, las dos primeras entidades se integran en el Instituto Superior Técnico de Cienfuegos, que desde entonces asumió los siguientes perfiles: Técnico, carreras de Ingeniería Mecánica e Industrial, Termoenergética y Mecánica Automotriz; Económico, Licenciatura en Economía y Licenciatura en Contabilidad, Pedagógico, Licenciaturas en Inglés, Matemática, Español, Química, Marxismo, Educación Primaria, Defectología y Preescolar, Deportivo, Licenciatura en Cultura Física, Agropecuario, Ingeniería Agronómica en la modalidad de curso para trabajadores, así como las Unidades Docentes de 4to y 5to Agronomía y Veterinaria, Ciencias Sociales: Unidades Docentes de 4to y 5to año de Licenciatura en Derecho. Además de desarrollar Cursos Libres en varias carreras. Esta situación conllevó a fomentar además un perfil más diverso y humanístico para el ISTC que lograría ser declarado como Universidad en 1994.
En 1998, la Universidad de Cienfuegos recibió el honroso nombre de “Carlos Rafael Rodríguez”.
Un año después la Universidad Carlos Rafael Rodríguez arribó a su XX Aniversario de fundada con la apertura por primera vez en el país de la carrera de Licenciatura en Estudios Socioculturales.
Finalizando el curso 99 – 2000, la Universidad alcanza el tercer lugar provincial en la emulación nacional por el 26 de julio, mientras que en el curso 2000 – 2001 inician su vida académica dos nuevas Facultades: “Ciencias Sociales y Humanísticas”, que incluye a los estudiantes del Curso Preparatorio en Idioma Español con los estudiantes caribeños y la carrera de Estudios Socioculturales; la otra Facultad es la de Informática, con la apertura de la carrera del mismo nombre con un grupos de estudiantes.
Como parte de la universalización de la educación superior, a partir del año 2003, se crean ocho sedes universitarias, una en cada municipio, en las que se abrieron nuevas carreras de diferentes perfiles, con énfasis en las humanidades, la economía y las carreras agropecuarias.
En el año 2010, como parte del fortalecimiento de la estructura universitaria, se aprueba oficialmente un redimensionamiento de las estructuras y se crea la Facultad de Ciencias Agrarias, lo cual respondió a la prioridad de la problemática agropecuaria del país.
Dentro de su sistema de trabajo de ciencia, innovación y postgrado, la Universidad contó hasta el cierre del curso 2010/2011 con cinco centros de estudios aprobados como forma organizativa de la educación superior para potenciar áreas estratégicas en la investigación, la innovación y el postgrado. Los centros de estudios se crean en las líneas de investigación relacionadas con la energía y el medio ambiente, la oleohidráulica y la neumática, la mecánica aplicada, la didáctica y dirección de la educación superior, los estudios socioculturales y la transformación agraria sostenible.
El curso 2011/2012 comienza con la adopción de una nueva estructura universitaria. Se unifican las facultades de Informática e Ingeniería Mecánica, así como el Centro de Estudios de la Oleohidráulica y la Neumática (CEDON) y el Departamento de Mecánica. La nueva Facultad de Ingeniería se fortalece e incorpora una nueva perspectiva ingenieril a la Universidad de Cienfuegos.
Varios grupos de investigación – desarrollo, comienzan a consolidarse desde el año 2010, entre ellos el Grupo de Estudios Avanzados (GEA) y el Grupo de Desarrollo de Tecnologías Educativas (DGTED). El Centro de Recursos de Aprendizaje e Investigación (CRAI) se consolida en el año 2011, dando inicio a una nueva era de la gestión de la información y la comunicación.
Asimismo, los Centros de Estudios de nuestra institución, responden a los intereses estratégicos y la demanda social que representan, no solo para la universidad sino también para el territorio. Tienen como fin la ejecución de proyectos de investigación, innovación, postgrado y extensión, en áreas del conocimiento, dan respuesta a los problemas ecológicos, económicos, sociales, tecnológicos y productivos de carácter global, nacional, ramal y territorial. Ellos son: CEEMA (Centro de Estudio de Energía y Medio Ambiente), CESOC (Centro de Estudios Socioculturales), CEDDES (Centro de Estudio de la Didáctica y la Dirección de la Educación Superior), CETAS (Centro de Estudio de Transformación Agraria Sostenible).
Desde el año 2013, el Ministerio de Educación Superior convocó al país a la integración de las Universidades de diferentes perfiles en cada territorio. De tal manera se incorporan a la comunidad universitaria de la UCf las anteriores Facultades de Cultura Física (octubre 2014), y la Universidad de Ciencias Pedagógicas Conrado Benítez (septiembre 2015).
La casa de altos estudios asumiría entonces la designación de Universidad de Cienfuegos para referirse a ella de manera general. Sin embargo, la comunidad universitaria, representada por su Consejo de Dirección, envió al MES, en el año 2017, la solicitud de mantener el nombre del intelectual cienfueguero Carlos Rafael Rodríguez, figura representativa de la provincia y reconocida nacional e internacionalmente por su vinculación con la política y la intelectualidad cubana.
A inicios del año 2019 se dio a conocer por el MES la relación oficial de los nombres, siglas y fechas de fundación de las instituciones adscriptas a este ministerio, aprobada por el Consejo de Ministros. En tal documento refiere la universidad con el nombre “Carlos Rafael Rodríguez”, tal como se había sugerido en años anteriores.
Por tanto, y respondiendo a lo antes expuesto, en lo adelante nuestra casa de altos estudios asume como nombre oficial: Universidad de Cienfuegos “Carlos Rafael Rodríguez”, y mantiene sus siglas UCf: U (mayúscula), C (mayúscula), f (minúscula por formar parte de la palabra Cienfuegos).
En la actualidad la Universidad de Cienfuegos «Carlos Rafael Rodríguez» está conformada por siete facultades: Facultad de Ciencias Sociales, Facultad de Humanidades, Facultad de Ciencias Agrarias, Facultad de Educación, Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, Facultad de Ciencias de la Cultura Física y el Deporte y Facultad de Ingeniería.